История района Нагатинский затон уходит корнями в глубокую древность. Вследствие пригодных для проживания природных условий, на этом месте в старину возникло поселение, которое называли Дьяковом городищем.
Как выявили археологические расследования, примерно 2,5 тыс. лет назад на этих землях поселялись первобытные племена. Это были древние поселения эпохи Неолита, какие дали название культуры эпохи раннего железного века, прозванной Дьяковской культурой.
У названия села Нагатино имеется две версии происхождения. Согласно первой, дороги в этом топком месте ставили «на гати», а по второй версии, название пошло от термина «ногата», означающего денежную единицу в Древней Руси.
Вблизи села раскинулись озëра, на которых проводились ремонт и постройка судов. Первое упоминание о Нагатинской заводи можно встретить в документах, относящихся к 1410 г.
С 1936 г. берëт своë начало современная история Нагатинского затона, когда здесь начал функционировать Московский завод по ремонту и строительству судов. Недалеко от производства был выстроен посëлок, где проживали рабочие завода со своими семьями. В 1938 г. на производстве со стапелей спустили на воду первое судно. Всем были знакомы речные трамвайчики.
По причине удобного местоположения завода, на его базе стали появляться специализированные учреждения образования.
В конце 1960-х годов на территории, которую всю целиком стали именовать «Нагатино», началось масштабное строительство многоэтажных жилых домов. В 1960 г. Нагатино отошло к Москве. Была сооружена облицованная гранитом Нагатинская набережная, в 1969 г. возвели Нагатинский мост. В 1985 г. был выстроен Южный речной вокзал, руководителем проекта стал архитектор А.М. Рухлядев. Данное сооружение называют вторыми речными воротами столицы.
Герб Нагатинского Затона представляет собой щит особой, «московской» конфигурации. Волнообразная серебряная перевязь, символизирующая Москву-реку, разделяет его на пурпурное поле с серебряным городищем и зелëное — с перекрещенными молотом, древним и современным речными якорями. Якоря символизируют славу района речников, а древние городища свидетельствуют об историческом значении территории.
